この事業では申請後の審査で省エネ効果が高いと認められれば導入経費のうち5億円を上限に三分の一が補助される。第3次公募の予算枠は約37億円が予定されている。
同事業の認定を希望する漁業者(申請者)はまず海洋水産システム協会に計画認定を申請し、協会での審査を経て水産庁に提出する。水産庁は協会に協会は申請者に計画認定書を交付し、申請者はNEDOに実施計画書と認定書を添付して補助金の交付申請を行い、NEDOからの補助金交付決定通知を受けた申請者は実績報告行い、NEDOは額の確定を行なう。その後、申請者は水産庁に事業終了を報告し、NEDOは申請者に補助金を交付する。
適合指針によると、漁船に設置する機器、装置、設備、改造しようとする漁船の省エネ効果が(1)従来同等品と比べ10%以上見込まれる(2)省エネ機器、省エネ船型の実施により漁船全体で5%以上の省エネ効果が見込まれる漁船(3)養殖・水産加工用機器・装置などで1%以上の省エネ効果が確実に見込まれるもの−のいずれかに基準に適合していることが必要となる。
補助の対象となる設備は(1)主機関動力利用システム(2)環境保全型機関(3)電気推進システム(4)プロペラ(5)船体(6)漁労機器、設備(7)冷凍機、設備(8)排ガスエコノマイザーなどとなっている。
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